“共聚焦显微镜”之所以被称为“共聚焦”，是因为其物镜既用于照明样品，也用于采集图像。“扫描共聚焦显微镜”中“扫描”指的是样品的成像方式为把图像分为像素点阵，通过扫描的方式对各个点分别照明采集，然后重新组合构成图像。由于物镜的聚焦面很薄(小至0.5微米)，实际成像的光学切片非常薄。在此聚焦面之外的图像并不会进入探测器。Z方向上的扫描可以通过提高或降低聚焦面来进行。这些层状图片可以通过计算机来合成三维的结构。
共聚焦显微镜在具有分辨率高，尺度小至微米以下的特点的同时，又不像电子显微镜那么昂贵。共聚焦显微镜可以达到100倍甚至10000倍放大成像，并且不对活体样品造成损伤。
在扫描共聚焦显微镜中，特定波长的激光常被用来照明样品，后者发出荧光用于成像。
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